实验室管理中心是北京中医药大学2024年10月新组建成立的支撑保障机构，主要负责学校实验室总体规划和设计、实验室仪器设备全流程管理、危险化学品全流程管理、实验室安全管理、大型仪器设备使用与共享管理、实验技术队伍建设等工作，并承担北京中医药大学实验室安全管理委员会办公室工作职责。

实验室管理中心下设实验室建设科、实验室运行与安全科、仪器设备管理科等3个科室。